Методология рейтинга была заслушана и одобрена Международной группой экспертов по рейтингу (IREG-3) на конференции в Шанхайском университете, в октябре 2007 г., опубликована в журнале “Higher Education in Europe” №2-3 2008 г., модернизированная методология представлена 8 марта 2010 г. членам Исполнительного комитета IREG-обсерватории в Варшаве.

По сравнению с методологией предыдущего рейтинга сокращены ряд показателей, которые было трудно проверить. Агентство собирает данные из доступных источников.
Рейтинг 2010 был проведен в виде институционального, т.е. рейтинг вуза в целом. Хотя Рейтинг по направлениям специальностей также был в заявке Анкеты №1 Рейтинга 2010, было собрано недостаточно документов от вузов, для того чтобы провести полноценный рейтинг по направлениям специальностей.

Независимое казахстанское агентство по обеспечению качества образования (НКАОКО) проводило опрос работодателей в тесном сотрудничестве с НЭП «Союз Атамекен», а также информационная поддержка была предоставлена Ассоциацией вузов Казахстана.

При расчете рейтинга используются три вида независимых друг от друга данных:

1) Академические показатели, количественные данные, предоставляемые вузом, по 6 критериям и 36 индикаторам, анкета №1, максимальное количество баллов – 600;

2) Анкетирование экспертов в сфере высшего образования по анкете №2, максимальное количество баллов – 100. Эксперты имеют право отметить только 20 лучших вузов.

3) Социологический опрос работодателей по анкете №3 представителей законодательных, центральных и региональных исполнительных государственных органов, работодателей компаний различного уровня, общественных организаций, руководителей и экспертов организаций образования, максимальное количество баллов – 300.

Результаты рейтинга утверждаются Наблюдательным общественным Советом по рейтингам, созданным при агентстве, в который входят депутаты Парламента РК, НЭП «Союз Атамекен», Ассоциация вузов Казахстана, представители Министерства образования и науки РК, ведущие компании страны, работодатели и общественные организации